Im 9. Jahrhundert begann durch Mönche der Klöster Rheinau und St. Blasien die Rodung des Schwarzwaldes. Bedeutend für die Entstehung von Grafenhausen war das reich begüterte Geschlecht der Grafen von Nellenburg, deren Stammburg in der Nähe von Stockach am Bodensee lag. In diesem Grafengeschlecht fanden sich Kaiser und Könige, ja sogar Papst Leo IX.
1050 Graf Eberhard III. von Nellenburg gründet das Kloster Allerheiligen in Schaffhausen.
1078 Graf Eberhard III. gründet die Siedlung Grafenhausen. Noch im selben Jahr stirbt Graf Eberhard.
1080-1085 Abt Siegfried von Allerheiligen gründet in Grafenhausen eine Klosterzelle, ein Benediktinerinnenkloster als Tochterkloster von Allerheiligen in Schaffhausen. Das Kloster wurde der Hl. Fides geweiht.
1095 Papst Urban der II. bestätigt in einer Bulle den Besitz des Klosters von Allerheiligen. Im Text dieser Urkunde heißt es: "In nigra silva in locis Gravenhusin et Schluochsee et monte Stouphin dictis"
1096 Bischof Gebhard der III. von Konstanz weiht die Propstei Grafenhausen ein. Während die geistliche Herrschaft im Besitz der Äbte von Allerheiligen bleibt, liegt die Oberhoheit über Grafenhausen bis 1285 beim Hause Nellenburg.
1125 Zwischen dem mächtigen Kloster Allerheiligen und dem Kloster St. Blasien kommt es zu einem Streit über Grenzgebiete.
1164 Ein neutrales Schiedsgericht beendet den Grenzstreit. Der Kamm des Hohenstaufen bildet das Grenzgebiet zwischen den beiden Klöstern.
1285 Grafenhausen erhält das Stadtrecht. Vermutlich bekommt der Ort die Stadtrechte als vorgeschobenes Bollwerk des Klosters Allerheiligen gegen das mächtige Kloster St. Blasien. Die Stadt wird befestigt, bekommt das Marktrecht und die Gerichtsbarkeit. (1928 stieß man auf alte Mauerreste, vermutlich Teile der früheren Stadtbefestigung).
Grafenhausen spielt eine bedeutende Rolle als Sitz eines Gerichts. Hier werden Urteile gesprochen und vollstreckt. Das heutige Wappen der Gemeinde, das die Justitia mit Schwert, Waage und verbundenen Augen zeigt, erinnert an jene Zeit.
1475 Verlust der Stadtrechte. Die Gründe hierfür sind nicht bekannt. In diese Zeit fällt auch das Ende des Klosters in Grafenhausen. Mit der Reformation fällt Grafenhausen an den Stadtstaat Schaffhausen.
1524 Durch die Zugehörigkeit zu Schaffhausen berührt der Bauernkrieg in den Jahren 1524/25 Grafenhausen kaum.
Allerdings macht Hans Müller aus Bulgenbach als Führer des Bauernaufstandes von sich reden. Höhepunkt seiner Laufbahn als Bauernführer bildet die Einnahme der Stadt Freiburg im Mai 1525. Im August des gleichen Jahres wird er von einem Scharfrichter aus Schaffhausen enthauptet. In Bulgenbach erinnert ein Gedenkstein am früheren Standort seines Elternhauses an den berühmten Heimatsohn. Auch der "Bundschuh" im Wappen der Gemeinde Staufen/Bulgenbach ist noch ein Vermächtnis aus dem Bauernkrieg.
1530 Die Stadt Schaffhausen tauscht zur Abrundung der Gebiete mit den Stühlinger Landgrafen von Lupfen Grafenhausen und Birkendorf gegen die Ortschaften Schleitheim und Beggingen aus. Schaffhausen behält sich aber auf der Gemarkung Grafenhausen das Recht vor, 360 ha Wald zu bewirtschaften. Ein Recht, das bis heute besteht. Der Schaffhauser Wald wird auch heute noch von einem kantonalen Förster betreut.
1582 Landgraf Heinrich IV. von Stühlingen verstirbt kinderlos. Um sein Erbe streiten Kaiser Maximilian XI., die Grafen von Sulz, die Fürstenberger, die Mörsperger und die Pappenheimer. Grafenhausen fällt den Freiherren von Mörsperg zu, die in Bonndorf residieren.
1603 Joachim Christoph von Mörsperg verkauft den Ort zusammen mit anderenBesitzungen an den Erbmarschall von Pappenheim.
1609 Erbmarschall von Pappenheim verkauft Grafenhausen an das im Jahr 850 gegründete Kloster St. Blasien.
1622 Eine schwere Brandkatastrophe wütet in Grafenhausen. Neben einigen Häusern fallen diesem Großbrand auch die Kirche und das Pfarrhaus zum Opfer. Lediglich der Kirchturm übersteht die Katastrophe.
1618-1648 Auch Grafenhausen bekommt die Schrecken des Dreißigjährigen Krieges zu spüren. Noch heute erinnert ein Schwedenkreuz auf dem Rathausplatz an jene unheilvolle Zeit.
1687 Fremde Truppen schleppen die Pest ein, die grausam unter der Bevölkerung wütet. Das in der Friedhofsmauer befindliche Pestkreuz mit Totenkopf erinnert an diese Schrecken.
1791 Mit der Gründung der Brauerei Rothaus sorgt Fürstabt Martin Gerbert vom Kloster St. Blasien für eine wirtschaftliche Belebung in der Gemeinde.
1803-1807 Im Rahmen der Säkularisation werden alle geistlichen Herrschaften aufgehoben, so auch das Kloster St. Blasien. Grafenhausen wird dem Großherzogtum Baden zugeordnet.
1944 Bei einem Bombenangriff am 1. April werden in der Gemeinde 10 Häuser völlig vernichtet; 50 werden z.T. schwer beschädigt, darunter auch das Rathaus.
1952 Gründung des „Südweststaates“ in der konstituierenden Sitzung der Landesversammlung in Stuttgart. Am 19. November 1953 tritt die Verfassung des Landes Baden-Württemberg in Kraft.
1972-1974 Im Zuge der Gemeindereform kommt die bisher selbstständige Gemeinde Mettenberg mit Buggenried und Seewangen zu Grafenhausen. Die damals noch selbstständige Gemeinde Staufen- Bulgenbach wird 1974 nach Grafenhausen eingegliedert.
Bei der Kreisreform wird Grafenhausen dem Landkreis Waldshut zugeordnet.
1973 Gründung der deutsch/französischen Partnerschaft mit der bretonischen Gemeinde Combrit/Sainte Marine an der Atlantikküste. Das Partnerschaftsemblem (Segel und Tanne) möchte die Verbindung von Meer und Wald verdeutlichen.
1979 Die Gemeinde Grafenhausen feiert ihr 900jähriges Bestehen.
2000 Der Ortsteil Mettenberg - bis 1972 selbständige Gemeinde – feiert sein 750-jähriges Bestehen.
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